MSD ilipoanzishwa, majukumu yake ya ununuzi, uhifadhi na usambazaji wa bidhaa za Afya yalikuwa yakifanyika bila kutumia mifumo ya TEHAMA  ambapo watumishi walitumia makarasi maalum yaliyotumika kuagiza na kuhifadhi kumbukumbu ya bidhaa za afya kama Bin Card, Combined Requisition and Issue note (CRIN) . Mnamo mwaka 1998 matumizi ya TEHAMA yalianza kutumika katika kuimarisha utendaji wa majukumu yake katika eneo la usimamizi wa fedha kwa kutumia mfumo ulioitwa Navision Financials.

Aidha mwaka 2001 uchambuzi yakinifu ulifanywa katika utendaji na uendeshaji wa shughuli za MSD na hivyo mfumo wa Orion ERPulisimikwa rasmi makao makuu Dar es Salam na kuunganisha Kanda zote  kwa kupitia mtandao wa TTCL mwaka 2002. Mfumo huu ulitumika kutekeleza shughuli za ununuzi, uhifadhi, usambazaji na usimamizi wa fedha.  Mnamo mwaka 2012 MSD ilifanya mabadiliko ya mfumo kutoka Orion ERPna kuanzisha mfumo wa Epicor9 ERPambao ulikuwa unatumia teknolojia ya kisasa zaidi ili kuboresha huduma zake kutokana na ukuaji wa shughuli za Taasisi. Hii iliendelea kuboresha matumizi ya TEHAMA kupitia ufadhili wa USAID na wadau wa mfuko wa maendeleo wa  Dunia (GLOBAL FUND).

Kuanzia Julai mwaka 2020 MSD ilianza kutumia mfumo wa Epicor10 ambao ni maboresho ya mfumo wa awali wa Epicor9. Kutokana na kukua kwa mahitaji katika kutekeleza majumkumu ya mnyororo ya ugavi wa bidhaa za afya MSD ipo katika hatua za mwisho za ujenzi wa mfumo mpya wa ERP.

Mifumo mingine ni pamoja na; 

MSD Portal   na POD - Mfumo wa kuwahudumia wateja  kupata taarifa na huduma mbalimbali ndani ya mfumo wa mnyororo wa ugavi.

Visitors System - Kusimamia wageni wanaoingia ofisi zote za MSD

e-Office  - inasimamia Mfumo wa kielekroniki wa Serikali

eSSPS - Mfumo unaowezesha ununuzi wa bidhaa za Afya ndani ya nchi za SADC.

GePG - Kusimamia malipo ya serikali.

Fleet Management - mfumo huu unatumika katika usimamizi wa mfumo wa usafirishaji

Bank Integration - Kuunganisha mifumo ya kibenki ili kupunguza makosa ya kibinadamu wakati wa malipo.

Wambo and other Systems Integration MSD - imeendelea kuwezesha mifumo mbalimbali kuzungumza. MSD imekuwa ikifanya kazi ya kuboresha shughuli zake kwa kuunganisha na mifumo mbalimbali kama WAMBO, E10-MoF, eLMIS, GoTHoMIS na mfumo wa kusimamia vituo vya wizara ya afya.

Digitization Platform - Jukwaa la uunganishaji wa shughuli za watumishi ndani ya bohari kidijitali, Utekelezaji mzuri wa kazi hiii utahakikisha dhamira ya MSD kuelekea kufanya kazi bila karatasi.

ESS - Mfumo wa kujihudumia kwa watumishi kupata taarifa na huduma mbalimbali za ndani ( Taarifa za Mishahara, kuomba mikopo (Salary Advance Loan), Likizo

Digital Signature - Mfumo wa kielekroniki wa utiaji saini kidijitali ulioundwa na Mamlaka ya Serikali Mtandao(e-GA) ili kuongeza uaminifu katika mawasiliano ya kidijitali serikalini, kurahisisha michakato kwa kupunguza hitaji la sahihi kwa njia ya makaratasi.

NeST  - Mfumo wa ununuzi wa umma unaosimamiwa na PPRA

Dashboard - Mfumo wa kusaidia watoa maamuzi na watendaji kupata taarifa mbalimbali katika mnyororo wa ugavi.