Le Département des dépôts médicaux (DDM) est une administration autonome relevant du ministère de la Santé. Il a été créé par la loi parlementaire n° 13 de 1993, puis modifié par la loi n° 4 de 2021 portant diverses modifications des lois écrites. Cette modification confère au DDM le statut de société, incluant la succession perpétuelle, un sceau commun et la capacité d'accomplir toutes les actions légalement autorisées pour une personne morale, comme indiqué à l'article 15 de la loi.

La loi n° 2 de 2024 portant diverses modifications des lois écrites a modifié la loi afin d'autoriser le Département à investir sous réserve des directives émises occasionnellement par le registraire du Trésor. En tant que département autonome, le DDM est chargé de développer, de maintenir et de gérer une production, un approvisionnement, un stockage et une distribution efficaces et rentables des médicaments et fournitures médicales approuvés dont ont besoin tous les établissements de santé publique.

Le Conseil d'administration est l'organe décisionnel suprême qui gouverne et définit les orientations du MSD au nom du ministère de la Santé. Il est composé de neuf (9) membres nommés tous les trois ans. Le Président de la République-Unie de Tanzanie nomme le président, tandis que le ministre chargé de la Santé nomme les huit (8) autres membres. Le directeur général assure la fonction de secrétaire du Conseil, mais n'a pas de droit de vote.

Pour s'acquitter efficacement de ses responsabilités, le Conseil fonctionne par l'intermédiaire de trois comités : le Comité d'audit et de gestion des risques, le Comité des services techniques et le Comité des finances et de l'administration. Le Conseil délègue la gestion quotidienne du Département au directeur général, nommé par le Président de la République-Unie de Tanzanie.

Les fonctions administratives et le fonctionnement du Département sont assurés par l'équipe de direction (EDG). L'EDG comprend le directeur général, le directeur de l'administration et des ressources humaines, le directeur des finances, le directeur de la logistique et des opérations, le directeur des achats et le directeur des technologies de l'information et de la communication. Le conseiller juridique en chef assure la fonction de secrétaire de l'EDG. Le département des magasins médicaux opère à travers dix magasins zonaux à Dar es Salaam, Mwanza, Iringa, Kilimandjaro, Mbeya, Tabora, Dodoma, Tanga, Mtwara et Kagera.