MSD stocke des produits de santé dans ses entrepôts stratégiquement situés dans différentes régions du pays. MSD a étendu ses services de stockage à des entrepôts modernes, informatisés et technologiques. MSD dispose actuellement de 80 305,47 m² répartis dans 10 entrepôts à travers le pays, à Dar es Salaam, Mwanza, Iringa, Moshi, Mbeya, Tabora, Dodoma, Mtwara, Tanga et Kagera. MSD stocke les produits réfrigérés dans ses installations de chaîne du froid, d'une capacité totale de 1 000 m³. Cela lui permet de stocker un grand nombre de produits de chaîne du froid.

Les entrepôts modernes en boîte (WiB) construits à Dar es Salaam, Mwanza, Mbeya, Tabora, Dodoma, Mtwara et Tanga ont considérablement amélioré la situation de MSD : ils ont permis d'accroître la capacité de stockage, les niveaux de service, la précision et de réduire les pertes de stock.